Beliau dibesarkan di Pontian, Johor. Beliau menerima pendidikan menengah di Sekolah Menengah Benut di Pontian dan memiliki pendidikan universiti di Universiti Putra Malaysia, lulus dengan ijazah Sarjana Muda dalam Sains Sosial. Beliau aktif terlibat dalam aktivisme pelajar semasa hari kampusnya dan dikenali sebagai pendebat yang mahir.

Selepas meninggalkan universiti, Amirudin bekerja sebagai penyelaras program di Institut Kajian Dasar, sebuah pertubuhan bukan kerajaan yang berdedikasi kepada penyebab kebangkitan kebudayaan dan pembinaan masyarakat madani.

Sepanjang kerjayanya di Institut Kajian Dasar, Amirudin menjalankan penggubalan dan penyeliaan program kesedaran sosial termasuk politik dengan siri di bawah pengurusannya seperti Forum Intelek Awam, Program Islam Tanwiri dan juga Sekolah Politik, sebuah program yang mencerahkan politik untuk anak-anak muda.

Di samping itu, Amirudin memperoleh latihan khas mengenai persiapan pilihan raya 'Bagaimana Melakukan Kempen' di bawah Konrad Adenauer Stiftung yang diadakan di Berlin dan Munich, Jerman. Pengalaman ini amat penting kerana Amirudin selalu diberikan tugas-tugas mengenai logistik, komunikasi, dan penggerak atas penglibatan awalnya dalam Parti Keadilan Rakyat.

Pada bulan Mac 2005, Amirudin berkahwin dengan Masdiana Muhamad. Pasangan ini mempunyai enam orang anak.